El PN-ANMI Madidi alberga la mayor cantidad de plantas vasculares, con un total de 4.838 especies registradas, lo que valora aún más el potencial genético del país y ratifica la riqueza en biodiversidad del área protegida.Entre las especies encontradas destaca el “árbol de incienso”, especie cuya resina es ampliamente conocida y utilizada de forma tradicional y milenaria por las comunidades indígenas en Bolivia, pero que ha pasado desapercibida para la comunidad científica, al extremo de no contar con un nombre científico. La demanda de incienso aumenta. Al año se producen 660 quintales sólo en la zona de Apolo (provincia Franz Tamayo-La Paz). Esto equivale a 1.650.000 bolivianos o 206.250 dólares.
El Parque Madidi también destaca por su diversidad de aves; 914 especies registradas, con una altísima probabilidad de llegar en un lapso de cuatro años a 1.050 especies.En el Parque vive casi el 70 por ciento de especies de aves del total existente en todo Bolivia (1.400). En la última incursión científica al sector de tierras altas del Parque se descubrieron seis nuevas especies de aves.
Estos esfuerzos científicos son resultado de investigaciones realizadas desde el año 2001 con el auspicio del Herbario Nacional de Bolivia (UMSA), el Real Jardín Botánico de Madrid (España), el Departamento de Botánica Sistemática de la Universidad de Aarhus (Dinamarca) y el Moissouri Botanical Garden (Estados Unidos).
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