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Potencia de cómputo excedente acelera investigación del cáncer

Los científicos han inventado una forma de automatizar y acelerar un proceso manual y complejo que permite a los investigadores descubrir con más facilidad la estructura de proteínas relacionadas con el cáncer.

Publicado: Sábado, 28/8/2010 - 13:40  | 1130 visitas.

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Células cancerígenas
Imagen: Agencias / Internet


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Con miras a llegar a formular curas para esta enfermedad con el tiempo, este enfoque nuevo y automatizado también puede resultar útil para explorar todas las dolencias y para promover avances en la investigación relacionada con los alimentos.

El revolucionario descubrimiento anunciado hoy es obra del proyecto Help Conquer Cancer desarrollado en conjunto con IBM y World Community Grid, un sistema que conecta las computadoras personales de voluntarios que donan la potencia del procesamiento excedente de sus máquinas a causas humanitarias. World Community Grid, patrocinada por IBM, ofrece a los investigadores del mundo entero el equivalente de millones de dólares de potencia computacional gratuita para hacer posible la investigación médica, nutricional, energética y ambiental.

Aprovechando la potencia de World Community Grid, el proyecto Help Conquer Cancer creó un sistema que reconoce en forma precisa el momento en que las muestras de proteínas pasan por un proceso de solidificación llamado cristalización, que hace que las proteínas estén listas para ser reexaminadas utilizando Rayos X especiales. El proceso es necesario para identificar y al fin de cuentas explorar cómo la estructura, forma e interacción de algunas proteínas pueden influir en la formación del Cáncer.

Usando WCG, los científicos entrenaron al sistema para reconocer exitosamente 80% de las imágenes que tienen cristales y 98% de las gotas traslúcidas de solución proteica que existían antes de la cristalización. Esto permite examinar el séxtuple de imágenes por proteína en comparación con la revisión realizada por humanos, y en mucho menos tiempo.

Automatizar la identificación de cristales podría acelerar la investigación en numerosos proyectos dedicados a la investigación genética y la ciencia biológica, ya que la cristalización ofrece la llave para investigar una variedad de procesos biológicos. También podría validar los esfuerzos de otros proyectos que buscan obtener estructuras proteicas, tales como Nutritious Rice for the World, que también utiliza WCG para explorar formas de crear cepas de arroz más resistentes y saludables.

Un artículo sobre este descubrimiento revolucionario, elaborado por los investigadores principales del proyecto Help Conquer Cáncer, se publicó recientemente en el Journal of Structural and Functional Genomics (http://www.springerlink.com/content/750430466h336142/fulltext.pdf.)

La cristalización permite que los rayos x bombardeen la muestra y difracten luz en muchas direcciones, produciendo un perfil tridimensional, con lo cual resulta más fácil estudiar las muestras. Sin embargo, el proceso de cristalización es tedioso: una sola muestra de proteínas puede requerir miles de intentos por estimular la cristalización introduciendo compuestos químicos por robot. Y hasta ahora, se necesitaba la observación humana meticulosa para verificar que los cristales realmente se formaran.

La cristalización es clave. La cristalografía por rayos x ha desempeñado un papel clave en muchos esfuerzos científicos. Por ejemplo, se utilizó a mediados del siglo XX para ayudar a determinar la forma del ADN. Las proteínas no son las únicas sustancias que pueden formar cristales para facilitar su estudio y desarrollo; los científicos utilizan la cristalografía por rayos x sobre metales, minerales y semiconductores.

"Este avance ilustra una vez más el enorme valor que World Community Grid ofrece al campo científico,” comentó Dr. Igor Jurisica, científico senior del Instituto del Cáncer de Ontario, que además es Profesor Adjunto en los departamentos de ciencia de computación y biofísica médica de la Universidad de Toronto, científico visitante en el Centro IBM para Estudios avanzados y presidente de Canadá Research en biología computacional integrativa. “Las personas que donaron ciclos de cómputo excedentes de sus procesadores de PC deberían estar muy orgullosas por su aporte, que hizo posible este desarrollo”

"Avances como este nos hacen sentir privilegiados en IBM por estar en condiciones de apoyar el programa World Community Grid y el trabajo de los muchos científicos que utilizan este sistema,” señaló Dr. Joseph Jasinski, Ingeniero Distinguido y Director de Programas del Instituto de Salud y Ciencias de Vida de IBM. “Estamos seguros de que el adelanto anunciado hoy demostrará ser una contribución valiosa que permitirá formas de entender la enfermedad.”

Aproximadamente 13% de todas las muertes humanas en 2007 se atribuyen al cáncer, según la Organización Mundial de la Salud. El grupo comenta que hubo 12,7 millones nuevos casos de cáncer y 7,6 millones de muertes por cáncer en 2008. En 20 años, la cantidad de nuevos casos de cáncer diagnosticados anualmente aumentará a 21 millones, que ocasionarán 13 millones de muertes por cáncer.

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